ภายในวัดประกอบไปด้วยศาสนสถานสำคัญมากมาย รวมถึงหอพระไตรปิฎกซึ่งเป็นสถาปัตยกรรมที่สวยงามมาก 

วัดเครือวัลย์ เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร ในสังกัดคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกาย เป็นวัดโบราณที่สร้างมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา พระอุโบสถและพระวิหารของวัดนี้หันหน้าเข้าสู่คลองมอญ และระหว่างพระอุโบสถกับพระวิหาร มีพระเจดีย์ใหญ่ทรงลังกา 3 องค์ตั้งอยู่ ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว วัดนี้ได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์โดย เจ้าพระยาอภัยภูธร (น้อย บุณยรัตพันธุ์) และธิดาคือ เจ้าจอมเครือวัลย์ ได้รับพระราชทานนามว่า วัดเครือวัลย์วรวิหาร ตามชื่อของเจ้าจอมเครือวัลย์ ธิดาเจ้าพระยาอภัยภูธร (น้อย บุณยรัตพันธุ์) เจ้าจอมของพระองค์ และเป็นวัดประจำตระกูลบุณยรัตพันธุ์

 

วัดนาคกลาง เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร เป็นวัดโบราณ มีมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เดิมมี 3 วัด คือ วัดนาค, วัดกลาง และวัดน้อย วัดทั้งสามนี้ มีข้อสันนิษฐานว่าน่าจะได้รับการสถาปนาขึ้นเป็นพระอารามหลวงตั้งแต่สมัยกรุงธนบุรี เมื่อถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ มีกรณีรวมชื่อวัด วัดนาค ให้ชื่อใหม่ว่า วัดพระยาทำ โดยเอาชื่อเดิมมารวมเข้ากับ วัดกลางและวัดน้อย ได้ชื่อใหม่ว่า "วัดนาคกลาง" เมื่อ พ.ศ. 2323 สมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช 

ภายในวัดมีศาลาสุธรรมภาวนา (ศาลาพระเจ้าตาก) อยู่ทางซ้ายมือของพระอุโบสถ เป็นที่ประดิษฐานพระพุทธนิมิตฯ หรือหลวงพ่อทอง และพระบรมรูปสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ในพระอิริยาบถต่างๆ

วัดอรุณราชวราราม หรือ วัดแจ้ง, วัดอรุณ เป็นพระอารามหลวงชั้นเอก ชนิดราชวรมหาวิหาร สร้างในสมัยอยุธยา ที่ชื่อวัดแจ้งเพราะพระเจ้าตากฯ ทำศึกเสร็จ แล้วยกทัพกลับมาเป็นเวลาเช้าพอดี ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดอรุณฯ พร้อมทั้งโปรดให้ลงมือก่อสร้างพระปรางค์ตามแบบที่ทรงคิดขึ้น ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้อัญเชิญพระบรมอัฐิของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยมาบรรจุไว้ที่พระพุทธอาสน์ของพระประธานในพระอุโบสถด้วย
 

ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มีการบูรณะปฏิสังขรณ์หลายอย่าง โดยเฉพาะพระปรางค์วัดอรุณฯ และการบูรณะก็สำเร็จด้วยดีดังเห็นเป็นสง่างามอยู่จนทุกวันนี้

วัดหงส์รัตนาราม ราชวรวิหาร พระอารามหลวงชั้นโท ชนิดราชวรวิหาร สร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยา เดิมเรียกว่าวัดเจ๊สัวหง, แจ๊สัวหง, เจ้าสัวหง, วัดขรัวหง เพราะตั้งตามชื่อของเศรษฐีชาวจีนผู้สร้าง เมื่อมาถึงสมัยกรุงธนบุรี สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงปฏิสังขรณ์เป็นการใหญ่ ขยายทั้งตัววัด และสร้างพระอุโบสถใหม่ 

 

พระอุโบสถ เป็นอุโบสถขนาดใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่งของฝั่งธนบุรี ประตูด้านนอกมีลวดลายปูนปั้นรูปหงส์และดอกไม้ ด้านในเป็นลวดลายสีแบบจีนปนฝรั่ง หน้าต่างด้านนอกกระจกสีน้ำเงินประดับลวดลายดอกไม้ปูนปั้นสีทองติดลูกกรงดัดรูปหงส์สวยงามมาก พระประธาน เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ศิลปะในสมัยอู่ทอง ชื่อหลวงพ่อแสน ผนังในพระอุโบสถโดยรอบมีภาพจิตรกรรมฝาผนังบนแผ่นผ้าใบ เรื่องราวประวัติของพระพุทธเจ้า

วัดโมลีโลกยาราม เป็นพระอารามหลวงชั้นโท ชนิดราชวรวิหาร เดิมเป็นวัดราษฎร์ สร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา มีชื่อเรียกทั่วไปว่า วัดท้ายตลาด มาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา จนถึงยุคกรุงรัตนโกสินทร์ปัจจุบัน เนื่องจากตั้งอยู่ต่อจากตลาดเมืองกรุงธนบุรี ในสมัยธนบุรี วัดนี้เป็นวัดในเขตพระราชฐาน จึงไม่มีพระสงฆ์อยู่ตลอดช่วงรัชกาล

เมื่อพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวขึ้นครองราชย์ ทรงมีพระราชศรัทธาปฏิสังขรณ์วัดให้บริบูรณ์งดงามยิ่งขึ้น และทรงเปลี่ยนนามใหม่ว่า "วัดโมลีโลกยสุธาราม" ภายหลังมาเรียกกันว่า "วัดโมลีโลกยาราม" วัดโมลีโลกยารามเคยเป็นสำนักเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีที่มีผู้สอบได้เปรียญธรรมมากเป็นระดับต้นๆ ของประเทศ